Sulla scia della tradizione della grande pittura bolognese del Cinque-Seicento e della vocazione didattica dei Carracci, il pittore Giampiero Zanotti concepì l’idea di creare una pubblica accademia, sul modello della romana Accademia di San Luca e dell’Académie Royale di Parigi.
Il conte Luigi Ferdinando Marsili, deciso fautore del progetto, ne promosse l’organizzazione chiamando quattordici artisti, fra cui Donato Creti (1709), che oltre a essere tra i fondatori, fu a più riprese direttore degli studi, accademico e infine principe.
Nel 1711 papa Clemente XI riconobbe gli statuti dell’Accademia, che in suo onore fu denominata Clementina. Essa trovò sede nel Palazzo Poggi accanto all’Istituto per le Scienze per iniziativa del generale Marsili, che tanto fortemente aveva voluto e sostenuto entrambe le istituzioni, presto assurte a fama europea.